O refúgio consiste no cultivo de uma área com plantas não-Bt próxima à cultura com resistência a insetos. Essa área tem a função de produzir insetos suscetíveis às proteínas inseticidas Bt. Esses indivíduos suscetíveis irão se acasalar com os insetos resistentes, gerando indivíduos heterozigotos que também serão suscetíveis à tecnologia, assegurando a sua longevidade.

A evolução da resistência de pragas é o maior desafio para o uso de culturas que expressam proteínas Bt. Dessa maneira, para um uso sustentável destas tecnologias no campo, a implementação de um programa efetivo de Manejo da Resistência de Insetos (MRI) é essencial. O plantio de refúgio é a principal ferramenta dos programas de MRI e tem sido eficaz em retardar o aparecimento de resistência em pragas nos países com maior histórico de uso destas tecnologias

As áreas de refúgio podem ser manejadas como o restante da lavoura, com o uso de pulverizações de inseticidas ou a adoção de outros métodos de controle sempre que as populações das pragas atingirem o nível de dano econômico.

Esse nível é estabelecido a partir do monitoramento das pragas, umas das práticas do MIP. Entretanto, recomenda-se o mínimo de pulverizações de inseticidas e a não utilização de produtos formulados à base de Bt. Quanto maior a aplicação de inseticidas, menor será a efetividade do refúgio como ferramenta de sustentabilidade da tecnologia Bt.

O produtor que realizar o monitoramento de pragas e quando necessário utilizar inseticida visando reduzir a população de insetos abaixo dos níveis de dano econômico irá proteger a produtividade nas áreas de refúgio.

A utilização de uma cultura Bt sem a adoção de táticas que visem retardar a evolução da resistência pode até trazer benefícios no curto prazo, mas tende a gerar indivíduos resistentes no médio/longo prazo. Inicialmente, já que a grande maioria dos indivíduos da população de insetos será suscetível à tecnologia, haverá controle efetivo. Entretanto, a pressão de seleção ocasionada pelo uso contínuo da tecnologia faz com que os insetos que são naturalmente resistentes sobrevivam e se tornem maioria na população após algumas gerações, levando à perda de eficácia da tecnologia. Assim, a médio/longo prazo, o agricultor não poderá mais lançar mão de uma tecnologia que tanto tem beneficiado a agricultura brasileira.

Todo produtor que utilizar a tecnologia Bt deve adotar áreas de refúgio, visto que a manutenção da eficácia das tecnologias em cada região será consequência do manejo de cada propriedade. É importante lembrar que o refúgio deve ser feito em todas as propriedades. Mesmo que a propriedade vizinha também plante Bt, o refúgio é uma área individual para cada lavoura.

Além disso, as espécies de insetos pragas-alvo das tecnologias Bt geralmente possuem alta mobilidade e sua estruturação genética não ocorre nas dimensões das propriedades. Dessa maneira, um plano efetivo de MRI deve ser implementado em âmbito regional.

As recomendações feitas para cada tecnologia levam em consideração a porcentagem mínima de refúgio necessária para a preservação da tecnologia em todo o território nacional. Algumas regiões específicas, dadas suas particularidades de sistema de produção, podem adotar estratégias ainda mais conservadoras. Também é importante levar em conta o calendário de plantio de cada região.